Federico Borromeo, durante il suo soggiorno romano, era stato Patrono dell’Accademia di San Luca, progettata da papa Gregorio XIII nel 1577 e inaugurata nel 1593. Giunto nel 1595 a Milano come arcivescovo, progettava di fondarvi un’Accademia artistica, pari a quelle di Firenze e di Roma. E così il 28 aprile 1618 con atto notarile il cardinale donava alla Biblioteca Ambrosiana, già aperta al pubblico dal 1609, la sua collezione di quadri, disegni, stampe e sculture: è il nucleo originario della Pinacoteca Ambrosiana, che si sarebbe arricchita nei quattro secoli successivi di numerosi capolavori dell’arte italiana ed europea. Egli tuttavia non concepì la sua Galleria come una semplice esposizione di opere d’arte, ma anche come strumento didattico: infatti nel 1620 fondò presso l’Ambrosiana un’Accademia del Disegno, per l’insegnamento della pittura, della scultura e dell’architettura.
Nel 1751 entrò in Ambrosiana il cosiddetto Museo Settala, una ricchissima collezione di reperti naturalistici, etnografici e di curiosi strumenti scientifici, raccolta dal canonico milanese Manfredo Settala (1600-1680).
La Pinacoteca Ambrosiana è il primo museo d’arte al mondo aperto al pubblico; ed è l’unico che fin dalla fondazione è organicamente collegato ad un Collegio di Dottori, ad un’Accademia e ad una Biblioteca, con la finalità di coltivare in maniera unitaria gli studi letterari, scientifici e artistici. Attualmente il percorso espositivo della Pinacoteca Ambrosiana si presenta non solo come un percorso museale (le sale della Pinacoteca vera e propria), ma anche come occasione per una visita all’intero edificio monumentale: dalla chiesa di Santa Maria Maddalena in San Sepolcro, le cui origini risalgono a prima del Mille, alla parte secentesca, con la sala originaria della biblioteca, la cosiddetta Sala Federiciana, l’antica sala capitolare della confraternita di Santa Corona, con un grandioso affresco di Bernardino Luini, fino alla parte ottocentesca neoclassica, e gli spazi ristrutturati tra il 1929 e il 1931 dal prefetto Giovanni Galbiati con un particolare gusto ornamentale tipico dell’epoca. Dai loggiati della Pinacoteca è possibile affacciarsi sul cosiddetto Cortile degli Spiriti Magni con una preziosa collezione archeologica. Nelle sale che prospettano sull’antico cortile neoclassico, ora divenuto Sala di Lettura della Biblioteca, è esposta quasi integralmente la collezione del cardinal Federico Borromeo, nucleo originario dell’intera Pinacoteca. Nelle altre sale sono esposte le opere entrate in Ambrosiana successivamente alla donazione del Fondatore e che coprono tutto l’arco della storia della pittura, soprattutto italiana, dal Rinascimento fino all’Ottocento. Dell’intera collezione si segnalano come capolavori di primaria importanza:
- il Cartone preparatorio della Scuola di Atene, autografo di Raffaello Sanzio;
- il Ritratto di Musico di Leonardo da Vinci;
- il Ritratto di Dama o ‘Dama della reticella’ che Federico Borromeo acquistò ed attribuì esplicitamente alla mano di Leonardo da Vinci;
- la Canestra di frutta di Michelangelo Merisi, detto il Caravaggio;
- la Madonna del Padiglione di Sandro Botticelli;
- l’Adorazione dei Magi di Tiziano Vecellio;
- le opere di Jan Brueghel, commissionate direttamente dal cardinale Federico al pittore fiammingo (i due Vasi di fiori, i Dodici paesini, gli Elementi dell’acqua e del fuoco).
Tra l’oggettistica esposta nelle bacheche e nelle vetrine disseminate tra le varie sale è possibile ammirare una teca con una ciocca di capelli biondi appartenuti a Lucrezia Borgia. Infine nel cosiddetto Cortile degli Spiriti Magni (visibile dai loggiati) è conservata una preziosa collezione archeologica, con antiche are greco-romane e lapidi; e nel Peristilio della Sala Federiciana è visibile un mosaico pavimentale del IV secolo proveniente dalle antiche terme romane di Mediolanum. Nella Biblioteca, accanto a moltissimi manoscritti miniati di epoca medioevale e rinascimentale, di grande rilevanza per quantità e qualità è il fondo di grafica, con circa quarantamila tra disegni, incisioni e stampe (tra gli artisti più importanti si segnalano Pisanello e Albrecht Dürer).
Ma il sommo tesoro artistico e scientifico della Biblioteca è il celebre Codice Atlantico di Leonardo da Vinci, donato all’Ambrosiana dal marchese Galeazzo Arconati nel 1637: esso comprende 1119 fogli autografi, con circa 2000 disegni, appunti, note autobiografiche e studi su varie discipline: ingegneria, idraulica, ottica, anatomia, architettura, geometria, astronomia.